İnşaat mühendisliği ya da ilgili alanlarda yüksek lisans programını tamamlayanların kabul edildikleri İnşaat Mühendisliği Doktora Programı, inşaat mühendisliğinin ilgili alanlarında derinlemesine bilgi ile uluslararası standartlarda uzmanlık kazandıran, programa katılanların yapılan araştırmalar ve gerçekleştirdikleri projelerle bu alandaki bilimsel bilgiye katkı sağladıkları bir bölümdür.
Öğrenciler hidrolik mühendisliği, ulaştırma mühendisliği, yapım teknolojileri, yapı malzemeleri ve yapı mühendisliği, deprem mühendisliği, zemin mühendisliği gibi alanlarda uzmanlık kazanmaktadır. Programın amacı; edindikleri ileri düzey mühendislik bilgisi ve araştırma tecrübesi ile meslek hayatında karşılaşabileceği ve daha önce çözümlenmemiş problemlere ilişkin özgün çözümler sunabilecek, çözüm ararken mesleki bilgisini ve bilimsel veriyi kullanabileceği araştırmalar yapabilecek yüksek mühendisler yetiştirmektir.
Programa katılanlara ileri düzeyde matematik, bilim ve mühendislik eğitiminin verildiği programın hedefi; inşaat mühendisliği alanında ulusal ve uluslararası başarılar elde edebilecek yüksek mühendisler yetiştirmek, mühendislik alanında araştırma-geliştirme çalışmalarına katkı sağlamak, doktora düzeyinde vizyoner, etik değerlere sahip, uluslararası kuruluşlarla ortak çalışmalar yürütebilecek bilim insanları yetiştirmektir.