Mekatronik Mühendisliği yüksek lisans mezunları, akademik kariyerin yanı sıra, robot sanayi, bünyesinde elektronik, bilgisayar ve mekanik aksam bulunduran üretim tesisleri, fabrikalar ve tesisler, otomotiv sektörü, otomasyon firmaları, telekomünikasyon şirketleri, makina üretim firmaları gibi birçok alanda çalışma imkanı bulabilirler.
Mekatronik Mühendisliği Tezli Yüksek Lisans Programı mezunları kamu özel kuruluşların çeşitli departmanlarında çalışma olanaklarına sahip olurlar. Robot sanayi, bünyesinde elektronik, bilgisayar ve mekanik aksam bulunduran üretim tesisleri, fabrikalar ve tesisler, otomotiv sektörü, otomasyon firmaları, telekomünikasyon şirketleri, makina üretim firmaları gibi birçok alanda kariyer yapabilirler. Mezunlara ayca akademik kariyer yapma imkanı da tanınmaktadır.
Yatay geçiş ile Mekatronik Mühendisliği Tezli Yüksek Lisans Programı’na geçmek isteyen Makine, Elektronik, Elektrik-Elektronik, Mekatronik, Endüstri Mühendisliği, Bilgisayar, Metalurji Ve Malzeme Mühendisliği, Gemi İnşaatı ve Gemi Makineleri, Uçak Mühendisliği, Fizik, Fizik Mühendisliği mezunlarına gerekli koşullar tamamlandığı takdirde geçiş hakkı verilmektedir.