Bu programdan mezun olan uzman fizyoterapistler, sağlık profesyoneli olarak farklı çalışma alanlarında görev alabilir ve diledikleri takdirde doktora eğitimi ile akademik çalışmalarını sürdürerek kariyerlerini ileri düzeyde geliştirebilirler.
Programa kayıt yaptıran fizyoterapistler; hastanelerde, tıp merkezlerinde, özel eğitim ve rehabilitasyon merkezlerinde, spor kulüplerinde, huzurevlerinde, sağlıklı yaşam merkezlerinde ve benzeri kurumlarda çalışabilirler. Bunun yanı sıra, gerekli koşulları sağlamaları hâlinde devlet ve vakıf üniversitelerindeki araştırma görevlisi kadrolarına başvurabilirler. Programdan mezun olduktan sonra ise ilgili mevzuat ve ilan koşulları doğrultusunda öğretim görevlisi kadrolarına başvuru yapabilirler.
Başka üniversitelerin Fizyoterapi ve Rehabilitasyon Tezli Yüksek Lisans programlarında kayıtlı öğrenciler, ilgili mevzuat ve yatay geçiş koşullarını sağlamaları hâlinde programa yatay geçiş başvurusunda bulunabilirler.
Yüksek lisans programlarına yönelik dikey geçiş uygulaması bulunmamaktadır.